Il prof. Franco Taroni del “Besta” di Milano spiega come lo sviluppo scientifico permetta di individuare mutazioni genetiche che fino a pochi anni fa restavano ignote

MILANO – Il DNA di Natale, un bambino affetto da una grave paraparesi spastica, era stato estratto nel 2001 per comprenderne la causa genetica. Ma in quegli anni i geni conosciuti erano pochissimi, e il suo caso rimase fra quelli irrisolti. Tredici anni dopo, nel 2014, grazie ai progressi scientifici quella mutazione è stata identificata, e i genetisti della Fondazione IRCSS “Carlo Besta” di Milano hanno comunicato la notizia alla famiglia.

A capo della Struttura di Genetica delle Malattie Neurodegenerative e Metaboliche dell'ospedale milanese c'è il prof. Franco Taroni. E la sua diagnosi genetica a distanza di quasi tre lustri non è stata – come si potrebbe pensare – una fortunata coincidenza, ma il risultato di un approccio sistematico che riflette il modo di procedere del suo team.

Professore, partiamo dal primo prelievo di sangue di Natale, nel 2011.
Il bambino aveva una paraparesi spastica con grave rallentamento psicomotorio. Il nostro neuropsichiatra infantile, dr. Giovanni Baranello, che lo aveva in cura, chiese un'indagine genetica. Eseguimmo un sequenziamento mirato, che diede però esito negativo.

Il gene responsabile della sua malattia non era ancora stato identificato?
No, i geni conosciuti erano pochissimi. Pensi che il primo gene legato alla paraplegia spastica, nonché il più frequente, la spastina, fu scoperto nel 1999. Oggi i geni identificati sono circa 60, con un incremento costante. Così, nel 2014, abbiamo identificato una mutazione nel gene FA2H, responsabile della forma di paraparesi spastica ereditaria SPG35 da cui è affetto il paziente, e rarissima: solo circa 60 casi in letteratura. Nonostante il progresso scientifico, ci sono ancora diversi geni “privati”, posseduti da singole famiglie, e questo fa sì che circa il 40% dei pazienti risulti tuttora negativo ai test genetici.

Anche i nuovi metodi di sequenziamento devono aver avuto un ruolo importante.
Certamente. Nel 2001 si usava ancora il metodo Sanger, oggi abbiamo il sequenziamento di nuova generazione. Oggi è possibile sequenziare interamente l'esoma, con i suoi 30.000 geni, anche se la reale percentuale raggiunta è del 95%: se la malattia si annidasse proprio in quel 5% di geni, potrebbe sfuggirci. Inoltre, l'esoma rappresenta solo l'1-2% del genoma: è la parte che codifica per le proteine. Teoricamente sarebbe possibile sequenziare l'intero genoma, comprese le parti che ad oggi restano oscure, ma ciò comporterebbe un impegno umano e dei costi enormi. La genetica ha avuto una grande espansione, ma ancora non possiamo garantire a tutti una precisa diagnosi molecolare.

Diagnosi che diventano particolarmente delicate se fatte in funzione predittiva, o per valutare la possibilità di una gravidanza.
Tra una persona e l'altra, nell'esoma, possono esserci più di 100mila varianti rispetto alla sequenza di riferimento. Generalmente non creano alcun problema, ma alcune di esse possono essere patogene e costituire un rischio di malattia nel momento in cui due persone che condividono queste varianti concepiscono un bambino. In questo tema, inoltre, subentra un problema etico: nel caso riscontrassimo nei geni di un paziente una mutazione che potrebbe causargli una malattia, magari in tarda età, sorge il dubbio se sia opportuno rivelarglielo. Qualcuno preferirebbe sapere, altri ignorare un destino che comunque non potrebbe cambiare. A questo si aggiunge che sono temi molto tecnici e difficili da spiegare ai pazienti, sui quali ad ogni modo si stanno elaborando delle linee guida.

Come mai, dopo tredici anni, avete analizzato nuovamente il campione di DNA di Natale?
Qui al “Besta” il DNA viene conservato dalla metà degli anni '80, e viene ancora utilizzato per confronti di questo tipo. Rivediamo sistematicamente i casi non risolti, che hanno caratteristiche simili a quelli attualmente esaminati. Per fare ciò ci serviamo di una casistica sempre aggiornata e di una serie di pannelli multigenici, con fenotipi contigui, che ci permettono di sequenziare tutti i geni coinvolti nella malattia che stiamo esaminando.

Quindi non una semplice coincidenza: accade spesso di risolvere vecchi casi archiviati?
Non è raro. In una patologia, col passare degli anni, possono emergere altri sintomi, e questo nuovo fenotipo può indirizzarci verso un altro gruppo di geni. Anche di recente, in uno studio sulle atassie cerebellari, abbiamo esaminato nuovamente i pazienti storici, riuscendo a scoprire la mutazione responsabile della malattia in una signora di più di 70 anni, che per trent'anni era rimasta senza una diagnosi.